Красная Яруга была основана в 1681 году. Существует несколько легенд и версий о рождении и названии поселения Красная Яруга.
Одна из них говорит о кровавых событиях давней поры, когда на наши земли нападали половцы, а позже татары. Однажды злой и долгой была сеча русских и татар у безымянной яруги. Вся балка после битвы была усеяна трупами. Подошел русский воин к ручью, чтобы умыться и отпрянул: вода была красной от крови. Оглянулся вокруг - красота! И сказал: "Отстояли мы эту землю от басурман - нам на ней и жить!".
А возможно, название Красная Яруга происходит благодаря красоте окрестностей: "красный" - "красивый".
И третья версия: очень часто названия городам и селам давались по названиям рек, на которых они располагались - Красная Яруга расположена на реке Красной. А вторая часть названия могла возникнуть от слов "яр", "овраг", "балка". В книге В.П. Семенова "Россия. Полное географическое описание нашего Отечества" в томе II "Среднерусская Черноземная область" упоминается слово "яруга" в значении - овраг, заросший растительностью.
В ХVI веке для защиты южных границ Российского государства была сооружена укрепленная линия – Тульская Засечная черта, состоящая из городов-крепостей, острогов, земляных валов и лесных засек. Засеки – это деревья, поваленные в сторону появления врага одно на другое широкой полосой. Но эта линия находилась далеко от южных границ Московского государства. Нужно было создать крепости у самого «дикого поля».
В 1635 году началось сооружение новой укрепленной линии, получившей название Белгородской оборонительной черты. Ее сплошные укрепления простирались на 800 км на территориях нынешних Сумской, Белгородской, Воронежской, Липецкой и Тамбовской областей.
Белгородская черта представляла собой систему как специально построенных оборонительных сооружений различного вида: городов-крепостей, валов, рвов, острогов, засек, так и естественных препятствий – рек, оврагов, лесов.
Главная задача оборонительных сооружений Белгородской черты – перекрыть основные пути, шляхи – Муравский, Кальмиусский, Изюмский – от набегов крымских и ногайских татар на Русь.
Наименование «Белгородская» черта получила по названию города Белгорода, ставшего центральным городом в системе управления всей территорией, по которой проходила Белгородская черта.
С 1635 по 1652 год было построено 27 городов-крепостей, в том числе и на территории Белгородчины – Болховец, Карпов, Яблонов, Короча, Новый Оскол и др.
Одновременно с городами-крепостями возникали пригородные села и деревни. Они заселялись беглыми крестьянами, холопами, служилыми людьми. Служилое сословие в ХVII веке разделялось на несколько категорий в зависимости от происхождения и экономического положения. Они несли полковую и военную сторожевую службу. За это они получали жалованье и земли на поместном праве. Служилыми людьми из г. Хотмыжска, заселенного в 1650 году детьми боярскими, были основаны слободы. Среди них и Краснояружская.
Большое значение в заселении края имела и вольная колонизация. От гнета поляков и литовцев в эти края бежали украинцы и русские из Центральной России. Полоса украинских поселений была расположена в бассейнах рек Илек, Псел, Ворскла. Миграция украинцев стимулировалась царским правительством, которое, будучи заинтересованным в укреплении южных границ, давало переселенцам в Белгородский край некоторые льготы. Украинцы переселялись из Правобережной Украины, которая находилась под гнетом Польши и Литвы.
При изучении различных архивных документов и материалов Российского государственного архива древних актов был обнаружен источник, говорящий о дате основания Красной Яруги. Это копия «Выписи из отказных книг, данной хотмыжским детям боярским Горбунову, Стародубцеву, Букавцову, Бордукову, Храпунову на поместья из «дикого поля» в районе течения речек Красный Колодезь и Красной Яруги Хотмышского уезда от 24 декабря 1681 года».
Сохранилась также «Выпись из отказных книг, данная стольнику сумскому полковнику Андрею Герасимовичу Кондратьеву на поместье из «дикого поля» в р-не течения р. Ворсклицы» от 1702 г. Место, выделенное А.Т.Кондратьеву в поместье, находилось возле Корытной Яруги, расположенной недалеко от Красной Яруги. Следовательно, поместье А.Г.Кондратьева граничило слева с землями с. Красная Яруга.
В 1702-1707 гг. поместья основателей Красной Яруги и их потомков были проданы, выменяны или отданы за долги стольнику сумскому полковнику А.Г.Кондратьеву.
В 1726 г. с. Красное (Красная Яруга) принадлежало помещику К.Т.Мезенцеву, который продал его братьям И.В. и Г.В. Савичам.
В 1734 г. Савичи продали село генерал-адъютанту А.И.Шаховскому. Семья Шаховских владела селом до 1776 года.
В 1776 году дочь А.И.Шаховского – А.А. Карабакова продала его дворянину Мине Лазаревичу Лазареву.
В последствии слобода относилась к Хотмыжскому уезду сначала Харьковского наместничества (губернии), а затем, в 1802-1838 годах - Курской губернии. В 1838 году центр уезда был перенесен в город Грайворон.
В 1872 году известный промышленник и меценат Иван Герасимович Харитоненко (1822 - 1891) приобрел в Краснояружской волости 11 тысяч десятин земли. Спустя два года здесь заработал сахарный завод. И.Г. Харитоненко и его сын Павел Иванович (1852-1914) строили не только заводы, но возводили за свой счет церкви, строили медицинские заведения и богадельни, широко занимались благотворительной деятельностью: вкладывали деньги в образование, здравоохранение, учреждали стипендии студентам, благоустраивали местность. В Красной Яруге у дома семьи Харитоненко сохранились три дуба-долгожителя, у которых смонтирован памятный постамент.
После создания в июне 1928 года Центрально-Черноземной области (ЦЧО) из северо-западной части бывшего Грайворонского уезда был создан Краснояружский район, оставшийся в составе Курской области после раздела в 1934 году Центрально-Черноземной области. При создании 6 января 1954 года Белгородской области Краснояружский район был передан в её состав и впоследствии включен в Ракитянский район. В современных границах Краснояружский район был восстановлен 22 апреля 1991 года Указом Президиума Верховного Совета РСФСР № 1054-1.